全脂鱼粉加工生产流程是：鱼原料经过蒸煮蒸干机蒸煮后鱼原料和水一起直接进入烘干机进行烘干，不经过压榨水分及蒸煮蒸干后的鱼直接进入烘干机。由于半脱脂鱼粉与全脂鱼粉对原料鱼材料的新鲜度要求不高，鱼的含油量会很少，脂肪含量相对脱脂鱼粉偏高，生产出来的鱼粉形状很细，蛋白含量在56%-63%之间，VBN一般在220-510之间，酸价相对偏高，胃蛋白酶消化率在80~90之间，盐分含量也相对较高，在气味上与脱脂鱼粉差异很大，因此品质相对半脱脂鱼粉更差。
全脂鱼粉生产流程是鱼经过蒸煮蒸干机熟化后鱼肉和水一起直接进入烘干机烘干。由于半脱脂鱼粉与全脂鱼粉对鱼的新鲜度要求不高， 因为鱼含油量很少，生产全脂鱼粉的脂肪和脱脂鱼粉的脂肪差不多少，出粉率高，利润率大，所以很多鱼粉厂商都以生产全脂为主。
半脱脂鱼粉的工艺与脱脂鱼粉的生产工艺流程基本步骤大致相同，都是经过蒸煮——压榨——油水分离——干燥——二次干燥等，不同的是半脱脂鱼粉在油水分离后，将分离出来的水（其中水中包含盐分、杂质、脂肪及微小的鱼粉颗粒）回喷到一次干燥罐内，与半成品的半脱脂鱼粉混合一块儿烘焙，增加了鱼粉的利用率，减少了因鱼种偏小及加工不够细致导致的鱼肉原料的流失。
半脱脂鱼粉颜色因烘焙烧烤时间的延续，回喷程序比不过回喷程序多带有局部压榨后的鱼及养分，所以造成VBN（普通150-250之间）、组氨酸价偏高及鱼粉略带有红褐色，性状颗粒微小，蛋白含量普通在60%-66%之间，酸价含量相对脱脂鱼粉偏高，盐分在4.5-5.5%之间。半脱脂鱼粉和脱脂鱼粉的气味有很大差别，对比明显有酸败的气味。半脱脂鱼粉的成本比脱脂鱼粉的少很多。
脱脂鱼粉加工生产工艺采用蒸煮——压榨脱水——脱油脂——烘干——粉碎——包装，这样的加工工艺，将新鲜小鱼或冰冻鱼进行加工生产，粗蛋白含量在60％以上，粗脂肪含量在10％左右。 经过这样脱脂鱼粉加工生产以后，常温下保质期可达一年或以上，动物家禽吸收率高达85%以上，比简单进行晒干粉碎的鱼粉高50%之多，并且经过高温蒸煮后，杀死了有害的各种病菌，保证家禽食用后减少患呼吸道疾病和消化道疾病的几率。
1.营养效能高。脱脂鱼粉中不含纤维素等一些家禽难消化的物质, 粗脂肪含量较高，所以脱脂鱼粉的有效能值高，生产中以脱脂鱼粉为原料很容易搭配调成高能量的家禽饲料。　
2.富含维生素。脱脂鱼粉富含B族维生素，特别是维生素B含量高，还含有维生素A、D和维生素E等脂溶性维生素，但在加工环境和储藏条件不佳时，很容易遭到破坏。
3.粗蛋白质含量高。脱脂鱼粉的主要营养特点是粗蛋白质含量高，一般脱脂鱼粉的粗蛋白质含量高达60%以上。在所有的蛋白质补饲料中，其粗蛋白质的营养价值最高。进口鱼粉普遍蛋白质含量在60%～72%，国产鱼粉对比偏低，一般蛋白质含量为45%～60%，富含各种必需氨基酸，所含氨基酸种类多、而且齐全，特别是所含氨基酸与猪、鸡等家禽动物体内组织氨基酸组成基本一致。所以脱脂鱼粉蛋白质品质好，含量高，用做饲料价值非常高。